菩提道次第心论科判表（大科分二）
甲一、依那兰陀寺有三种清净门（分三）
乙一、轨范师语说清净
乙二、学子相续清净
乙三、所说正法清净
甲二、依本论引导诠释方法（分四）
乙一、开示造论者之殊胜功德及事业
乙二、开示本论中法义殊胜（分四）
丙一、通达一切经教无违
丙二、依现经教论理教授无倒
丙三、得佛密意
丙四、自行消除一切极大罪行
乙三、说听二者如何相应之正理（分三）
丙一、应如何听闻正法
丙二、应如何讲说正法
丙三、说者闻者应如何共作
乙四、教授导引学徒次第之正仪（分二）
丙一、亲近法理（分二）
丁一、引发定解之理－亲近善士（分六）
戊一、所依知识之德数（十法）
戊二、能依学者之相（有三）
戊三、应如何依止之法（分二）
已一、意乐（分三）
庚一、总教意乐之相
庚二、修信以为根本
庚三、随念恩德以增敬重
已二、加行（分二）
庚一、以身命财产供养
庚二、如教修行供养
戊四、依止之胜利功德
戊五、不依止之过失
戊六、摄合诸义
丁二、修持法则之行（分二）
戊一、修法（分三）
已一、加行六法（附带七支）
已二、正修行（分二）
庚一、共同修法
庚二、不共修法
已三、结行（分三）
庚一、中间行法
庚二、三合引导
庚三、四种资粮（分四）
辛一、密护根门
辛二、正知而行十业
辛三、饮食知量（分四）
辛四、精进炼修寤瑜珈
戊二、破邪
丙二、修心次第（分二）
丁一、依有暇身圆劝发修行之心（内中分三）
戊一、有暇－离八无暇
戊二、身圆（分二）
已一、自圆满五种
已二、他圆满五种（附南阎浮提士夫特殊之福德十六正修）
戊三、劝发修行之心
丁二、如何摄取修行心要之义（即三士道）
戊一、道之总建立（以此引生定解）分二
已一、由三士道总摄一切圣言之论
已二、指示三士门中次第如次引导之因
戊二、道中心要正理（以此摄持正行方便）分三
已二、与中上共同之下士道（分三）
庚一、正修下士意乐（分二）
辛一、发生希求后世之心（分二）
壬一、观现生无常念最后必死（分四）
癸一、不修无常道理之过失
癸二、多修无常道理之功益
癸三、畏不畏死以慧心决择
癸四、正修念死之方法（分三）
子一、思惟有情决定必死
子二、思惟死无定期
子三、思惟除佛法外别无善法可能救济自他
壬二、观死已当入何趣及苦乐（分三）
癸一、思地狱苦（分四）
子一、八大地狱
子二、近边地狱
子三、寒冻地狱
子四、独一地狱
癸二、思饿鬼苦
癸三、思畜生苦
辛二、后世依止安乐之方便（分二）
壬一、始终进道之门是皈依三宝（分四）
癸一、皈依之因由
癸二、所皈之境义
癸三、如何如法正皈（分四）
子一、忆念三宝功德相（分三）
丑一、佛功德相（分四）
寅一、身功德
寅二、口功德
寅三、意功德
寅四、业功德
丑二、法功德相
丑三、僧功德相
子二、皈依差别相
子三、自誓正受仪式
子四、不信更有余皈依处
癸四、应学修之次第（分二）
子一、依摄事分中说（分二）
丑一、前说有四（即是预流四支）
寅一、亲近善士
寅二、听闻正法
寅三、如理作意
寅四、法随法行
丑二、后说有四
寅一、诸根不掉
寅二、受学学处
寅三、悲愍有情
寅四、勤修供养
子二、依本论教授中说（分二）
丑一、别学（分二）
寅一、应遮
寅二、应学
丑二、共学（分六）
寅一、随念三宝功德总别诸相
寅二、随念三宝恩德恒勤供养
寅三、悲心随念别余有情令受皈依安住律仪
寅四、凡有所作先当启白三宝祈祷成就
寅五、随念皈依三宝之利益安乐日夜各作三次皈依
寅六、守护皈戒不舍三宝如人爱命
壬二、于一切乐善根本生起忍信（分三）
癸一、总思惟业果（分四）
子一、观业果决定之理
子二、观业果增长广大
子三、未造业不得
子四、已造业决不失坏
癸二、分别思惟业果（分二）
子一、显示十业道而为上首
子二、决择业果之义相（分三）
丑一、显示黑业果（分三）
寅一、正示黑业道十
寅二、轻重差别（分二）
卯一、正明十业道轻重
卯二、兼略显示具力业门
寅三、此等十恶所感之果（分三）
卯一、异熟果
卯二、等流果
卯三、增上果
丑二、思惟白业果（分二）
寅一、十善业道
寅二、十善业果（分三）
卯一、异熟
卯二、等流
卯三、增上
丑三、显示余业差别（分二）
寅一、引满业差别及定不定顺现后等
寅二、别思惟差别（分三，修道进程）
卯一、异熟功德（分八）
卯二、异熟果报（分八）
卯三、异熟因缘（分八）
癸三、思已正行进止之理（分二）
子一、总开示
子二、四力净修法理（附总论）
庚二、发生意乐之量
庚三、破除邪执（分二）
辛一、明增上胜身
辛二、明具足戒之要
已二、与上士共同之中士道（兼摄下士）
已三、摄中下之上士道
已三、摄中下之上士道