一、《神农本草》三卷，三百六十种，分上、中、下三品。梁陶弘景增药一倍，随品附入。唐、宋重修，各有增附，或并或退，品目虽存，旧额淆混，义意俱失。今通列一十六部为纲，六十类为目，各以类从。三品书名，俱注各药之下，一览可知，免寻索也。
二、旧本玉、石、水、土混同，诸虫、鳞、介不别，或虫入木部，或木入草部。今各列为部，首以水、火，次之以土，水、火为万物之先，土为万物母也。次之以金、石，从土也。次之以草、谷、菜、果、木，从微至巨也。次之以服、器，从草、木也。次之以虫、鳞、介、禽、兽，终之以人，从贱至贵也。
三、药有数名，今古不同。但标正名为纲，余皆附于释名之下，正始也。仍注各本草名目，纪原也。
四、唐、宋增入药品，或一物再出、三出，或二物、三物混注，今俱考正，分别归并，但标其纲，而附列其目。如标龙为纲，而齿、角、骨、脑、胎、涎皆列为目；标粱为纲，而赤、黄粱米皆列为目之类。
五、诸品首以释名，正名也；次以集解，解其出产、形状、采取也；次以辨疑、正误，辨其可疑，正其谬误也；次以修治，谨炮炙也；次以气味，明性也；次以主治，录功也；次以发明，疏义也；次以附方，着用也；或欲去方，是有体无用矣（旧本附方二千九百三十五，今增八千一百六十一）。
六、唐、宋以朱墨圈盖分别古今，经久讹谬。今既板刻，但直书诸家本草名目于药名、主治之下，便览也。
七、诸家本草，重复者删去，疑误者辨正，采其精粹，各以人名，书于诸款之下，不没其实，且是非有归也。
八、诸物有相类而无功用宜参考者，或有功用而人卒未识者，俱附录之。无可附者，附于各部之末。盖有隐于古而显于今者，如莎根即香附子，陶氏不识而今则盛行；辟虺雷，昔人罕言而今充方物之类，虽冷僻，不可遗也。
九、唐、宋本所无，金、元、我明诸医所用者，增入三十九种。时珍续补三百七十四种。虽曰医家药品，其考释性理，实吾儒格物之学，可裨《尔雅》、《诗疏》之缺。
十、旧本序例重繁，今止取神农为正，而旁采《别录》诸家附于下，益以张、李诸家用药之例。
十一、古本百病主治药，略而不切。王氏《集要》、祝氏《证治》，亦约而不纯。今分病原列之，以便施用，虽繁不紊也。
十二、神农旧目及宋本总目，附于例后，存古也。